Пробиотиците, полезните бактерии, които поддържат здрав микробиом на червата, са особено важни при приема на определени лекарства като антибиотици и нестероидни противовъзпалителни средства (НСПВС). Антибиотиците, макар и ефективни при унищожаването на вредни бактерии, също нарушават полезната чревна флора, потенциално причинявайки стомашно-чревни проблеми като диария и гъбични инфекции. За да се противодейства на тези ефекти, се препоръчва пробиотиците да се приемат няколко часа след антибиотиците, за да се възстановят полезните бактерии. По същия начин НСПВС като ибупрофен и аспирин могат да увредят лигавицата на червата и да нарушат бактериалния баланс, което води до лошо храносмилане и язви. Пробиотиците помагат за защита на лигавицата на червата и поддържат нейната цялост, намалявайки риска от стомашно-чревно увреждане, когато НСПВС се използват за продължителни периоди. По този начин, комбинирането на пробиотици с тези лекарства може да помогне за поддържане на здравето на червата и предотвратяване на свързани странични ефекти.